Die Geschichte des Diakonissen-Mutterhauses beginnt in Hamburg. Im Jahr 1856 nimmt die Diakonisse Elise Averdieck einen unversorgten Kranken in ihrer Wohnung auf, um ihn zu pflegen. Aus diesem Anfang entwickelt sich bald eine kleine Krankenstation. Schon drei Jahre später bekommt Elise Averdieck einen hohen Geldbetrag zum Bau eines neuen Gebäudes für ihre Krankenstation geschenkt. Es wird 1860 als Diakonissen-Mutterhaus eingeweiht. Elise Averdieck nennt es Bethesda.
1905 übersiedeln die Bethesda-Schwestern mit ihrer Oberin Helene Hartmeier nach Rotenburg (Wümme), nachdem es gegensätzliche Auffassungen zwischen dem Hausvorstand und dem Gesamtvorstand zu Fragen der diakonischen Arbeit gegeben hat. In den folgenden Jahren bauen die Schwestern hier ein neues Mutterhaus, ein Krankenhaus und eine Krankenpflegeschule auf.
Nach dem Zweiten Weltkrieg eröffnet das Mutterhaus auf dem Gelände des Kalandshofs eine Zweiganstalt des Krankenhauses mit einer Lungenheilstätte, einem Altenpflegeheim und der einzigen Entbindungsstation Niedersachsens für Mütter, die an der Tuberkulose erkrankt sind. 1975 wird ein moderner Neubau des Diakoniekrankenhauses seiner Bestimmung übergeben.
Heute ist das AGAPLESION DIAKONIEKLINIKUM ROTENBURG das größte konfessionelle Krankenhaus in Norddeutschland. Auch wenn keine Diakonissen mehr im Diakonieklinikum arbeiten, so fühlen sich die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Diakonissen-Mutterhauses in Rotenburg bis in die heutige Zeit dem Lebenswerk von Elise Averdieck verbunden: Sie glauben, dass sie bei Gott in guten Händen sind. Das wollen sie allen Menschen weitergeben, die ihnen anvertraut sind.
Diakonissen sind evangelische Frauen, die in einer Lebensgemeinschaft leben. Sie sind zumeist unverheiratet und an ihrer Tracht zu erkennen. Früher war es nahezu die einzige Möglichkeit für Frauen, einen sozialen Beruf zu ergreifen. Auch heute noch ist das Diakonissensein eine Lebensform für evangelische Frauen, die im Sinne Jesu Christi miteinander leben und für andere da sein wollen. Im Ev.-luth. Diakonissen-Mutterhaus Rotenburg leben heute 8 Diakonissen, alle sind aber schon im Feierabend (Ruhestand). Ihre Oberin ist Pastorin Sabine Sievers.